POP

最も一般的なメール受信用のサーバーです。メールサーバーからメールをダウンロードするだけのシンプルな動作が基本になります。

IMAP

IMAPは、POPよりも後に出てきた新しい仕組みで、サーバー上にフォルダを作成してサーバー上でメールを振り分けたりといったことが出来ます。

Microsoft Graph API

Microsoft社の提供しているメールサービスに対して、Microsoft社の提供する「Graph API」を使ってメールをダウンロードします。送信も、SMTPではなくてGraph APIを使います。認証方式も、Microsoftの提供するOAuth認証（マイクロソフトの用語では「先進認証と言う」）を使います。
POPやIMAPに比べて多少制限が発生します。詳しくはMicrosoft Graph APIアカウントでの制限についてを参照ください。
メールサービスに対してPOPやIMAPでのアクセスが禁止されてる場合に、こちらの方式にてアクセスが可能です。ただし、管理者が存在してる場合はその管理者が秀丸メールでのアクセスを許可する必要はあります。

Graph APIの仕組み的には実はIMAP的にサーバー上にフォルダを作成したり振り分けたりといったことが実現出来ますが、現在の秀丸メールではPOP的な動作のみ、つまり、ダウンロードすることのみに対応しています。ダウンロード対象のフォルダは、別途「アカウント毎の設定・メールサーバー・POP/IMAP・IMAP関連」のページにて指定できます。

2022年5月31日追記
Microsoft Graph APIでアクセスできるメールアカウントは以前は「Exchange Online」または「Office 365」または「Microsoft 365」などの有料サービスに限定されていましたが、現在は無料メールサービスであるOutlook.com（別名称 = Hotmail, Live.com）についてもGraph APIでアクセスできます。無料アカウントにアクセスするには秀丸メールのVersion 7.12以上が必要になります。
マイクロソフト社の販売しているサーバー製品の「Exchange Server」で構築されたメールアカウント（オンプレミスのサーバー上のメールアカウント）に対してGraph APIでアクセスすることは出来ません。

• 受信の動作として、POP風の場合には、前回受信時と今回受信時を比較して、前回受信時にサーバー上に存在してなかったメールを受信するのであるけども、こちらのIMAP的モードを選択した場合、前回と今回の差分という概念は無くなり、とにかく秀丸メール上に存在してないメールをすべて受信する動作をします。
• 秀丸メール上でメールを削除したりゴミ箱に入れたりすると、そのメールは次回受信時にサーバー上から削除されます。「アカウント毎の設定・メールサーバー」の「削除されたメールは次回受信時にサーバー上からも削除する」に相当する処理が必ずONになります。
• メールを移動／コピーした操作についても次回受信時にサーバー上に反映されます。振り分けでメールが移動した場合も、その移動がサーバー上に反映されます。
• 受信時に、サーバー上のフォルダ一覧を秀丸メール上にも再現します。
• 他のフォルダから移動/コピーされたメールについては、そのメールが受信系のメールであれば、そのメールがIMAPサーバーにアップロードされる動作となります。（Version 6.46β9より）
• 他のアカウントへ移動したメールについては、そのメールはIMAPサーバー上からも削除されます。（Version 6.46β9より）
• 受信時の自動振り分けでメールが別アカウントにバイパスされる場合、例えばIMAPアカウントから他のアカウントへメールを移動する振り分けアクションがあると、その移動したメールはサーバー上から削除され、逆にIMAPアカウントへ別アカウントからメールが移動してきた場合は、そのメールがサーバーにアップロードされます。（Version 6.46β9より）

• 草稿フォルダに何かメールを保存すると、そのメールがDraftフォルダにも保存され、受信のタイミングでそのメールがIMAPサーバーにもアップロードされます。
• 草稿フォルダのメールを更新（上書き保存）すると、Draftフォルダ上の同じメールについても受信のタイミングで同期されます。
• 草稿フォルダのメールをどこか別のフォルダに移動したり削除したりすると、Draftフォルダ上の同じメールも削除されます。
• Draftフォルダに何か新しいメールが届くと、それと同じ内容のメールが草稿フォルダにも生成されます。

[Gmail]/下書き