フラグの解説：
送信メールである	送信系のメールか受信系のメールかを保持してるフラグです。
送信済み	送信系メールの場合で、送信済みメールか未送信メールかのフラグです。
送信されたかどうか不定のメール	メールを送信する最終段階でエラーが発生したか、または分割メールの場合で分割されたいくつかのパートだけが送信されたか、またはBcc宛先に添付ファイルを送らないメールの場合でTo:宛先にだけ送信した段階でキャンセルされたか、そういう何らかの理由で、 送信されたのかどうか不定のメール全般です。
メールデータの暗号化	「全般的な設定・起動時パスワード」の「メールも暗号化」をONにしたことによって暗号化されたメールかどうかです。PGPやGnuPGやS/MIME方式で暗号化されたメールかどうかとはまた別です。 　このフラグはメールを１通選択してる時だけセット/リセットされます。
未読	未読かどうかのフラグです。基本的には受信系メール用ですが、送信系メールでもこのフラグをON/OFFすることが出来ます。
返信済み	このメールに対する「返信メール」が作成されたかどうかを表すフラグです。このフラグがONになっていても、必ずしも「返信メール」が存在するかどうか（さらにはそれが確かに送信されたかどうか）の保証はありません。
転送済み	このメールに対する「転送メール」が作成されたかどうかを表すフラグです。
新着メール	新着メールかどうかのフラグです。新規に受信したメールはこのフラグがONになり、秀丸メールを終了してもう一度起動すると自動的にOFFになります。
HTMLメール付き	HTMLメールかどうか（HTMLパート付きのメールかどうか）のフラグです。メールにX-Html:ヘッダがあるかどうかで決まります。
改変	改変保存されたかどうかのフラグです。
自分が差出人?	自分が差出人かどうかのフラグですが、このフラグはメール一覧でのFrom/To列の表示上で使われる用の内部的なフラグなので、必ずしも自分が送信したメールでフラグがONになるとは限りません。
Cc/Bccに自分?	Cc/Bccヘッダ中に自分自身のメールアドレスを含んでいるかどうかを表すフラグですが、これも、メール一覧上でのアイコンの表示に利用される内部的なフラグであり、必ずしも意味的にON/OFFが合ってることは保証されません。
マーク	マークされたメールかどうかのフラグです。
折り返し	自動折り返しがONかOFFかのフラグです。送信系メールだと「72桁で折り返し」、受信系メールだと「折り返して表示」のON/OFF状態になります。
優先度=高	優先度=高のメールかどうかです。X-Priority:ヘッダ（またはPriority:ヘッダ）の内容でフラグが設定されます。
複数宛先メール	宛先が複数のメールかどうかのフラグです。メール一覧上でのアイコンの表示のために内部的に利用されるフラグです。
添付ファイル付き	添付ファイル付きかどうかのフラグです。X-Attach:ヘッダがあるかどうかで決まります。
Message-Idあり	Message-Id:ヘッダを含むメールかどうかです。
Referencesあり	References:ヘッダまたはIn-Reply-To:ヘッダを含むメールかどうかです。
迷惑メール	迷惑メールのフラグです。X-TuruKame-Filter:ヘッダの先頭が「spam」かどうかで決まります。
分割メール	分割されたメールの１つ１つのパートとして送られてきたメールかどうかのフラグです。分割メールを結合するために内部的に利用されます。
エンコード	エンコードされた形式のメールかどうかです。受信ログ/送信ログではONになり、それ以外ではOFFFになるはずです。
開封通知	開封通知の要求がなされたメールかどうかです。Disposition-Notification-To:ヘッダの有無で決まります。
返信メール	「返信メール」コマンドで生成された送信系メールかどうかのフラグです。ここがONのメールでは、返信元メールが何であるかの情報も内部的に保持されています。
転送メール	「転送メール」コマンドで生成された送信系メールかどうかのフラグです。ここがONのメールでは、転送元メールが何であるかの情報も内部的に保持されています。

注意：

「全般的な設定・メール一覧」で「メール一覧への表示項目、並び順」の中の「サーバー到着日時（Receivedヘッダ）」がONになっている場合は、メールの送受信日時は書き換えできません。