Windows Vista以降では、Program Filesや、Windowsシステムフォルダなどの保護されたフォルダの中のファイルの扱いが、メモ帳とは異なります。
　メモ帳では、保護されたフォルダにあるファイルを開くことはできても、保存することはできません。
　秀丸エディタでは、保護されたフォルダにあるファイルを開くことも、保存することもできてしまいます。
　
　保存したファイルは、VirtualStoreという場所に仮想化されて保存されます。
　秀丸エディタで保存したProgram Files配下のファイルは、メモ帳では見ることができません。
　例えば、「C:\Program Files\Hidemaru\Hidemaru.txt」を秀丸エディタで編集し、保存することができますが、メモ帳で「C:\Program Files\Hidemaru\Hidemaru.txt」を見ても保存された内容は反映されません。
　Windows Vista, 7のエクスプローラでC:\Program Files\Hidemaruを開いて、「互換性ファイル」で見ることができます。
　Windows 8以降のエクスプローラでは、「互換性ファイル」のボタンは無く、「C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Local\VirtualStore」を直接見るしかありません。
　（別途秀丸ファイラーClassicを使うと互換性ファイルを見ることができます）
　
　これは、Windows Vistaで用意された互換性のための救済策に頼っているためで、秀丸エディタは旧来よりインストール先のフォルダを標準のマクロ用のフォルダ・設定ファイル用のフォルダとしているため、この互換性が必要です。
　
　秀丸エディタのこの仕様はいまのところ互換性を維持するためこうなっていますが、将来変更される可能性があります。
　（V9.00では新規インストールではVirtualStore無効になっています。バージョンアップ時は設定を引き継ぎます。）
　[その他]→[動作環境]→[環境]で、マクロファイル用のフォルダ・設定ファイル用のフォルダは、できるだけProgram Filesではないユーザーごとのフォルダを指定することをお勧めします。

32bit版
　32bit版の秀丸エディタの場合は、[その他]→[動作環境]→[32bit版]で「VirtualStoreを無効にする」をONにしてVirtualStoreを無効にすることができます。
　ONにしておくと挙動はメモ帳と同じになります。

64bit版
　64bit版の秀丸エディタの場合は、VirtualStoreのファイル仮想化は行われません。
　挙動は常にメモ帳と同じです。


送金登録
　Windows Vistaの場合は、通常は送金登録の情報はすべてのユーザーに対して反映されません。
　[その他]→[秀丸エディタについて]のダイアログボックスの左上に▼マークのボタンがあり、ここから盾マークのついた「すべてのユーザーの送金登録」を行うと、すべてのユーザーに対して反映できます。
　

参照：バーチャルストア・ファイルの仮想化について