空欄（何も指定されてない）の場合はHIDEMARU.EXEと同じフォルダが設定ファイル用のフォルダと解釈されます。
（例：標準のインストール先の C:\Program Files\Hidemaru）
Windows Vista以降では、C:\Program Files配下には原則的に非管理者は書き込みできないので、空欄にすることは推奨されません。
フォルダ名はドライブ名も含めてフルパスを指定してください。パス名の最後に「\」マークはつけないでください。
Vista以降で新規インストールした直後は、
C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\Hidemaruo\Hidemaru\Setting
が自動的に設定されます。
このフォルダは非表示のフォルダで、エクスプローラからフォルダツリーをたどっては行けません。
エクスプローラのアドレスバーに貼り付けてEnterすると見ることができます。
深いところにあることもあり、
設定ファイル用のフォルダは書き込みできる任意の場所を設定されることをお勧めします。
例えばマイドキュメント配下や、 C:\HidemaruData というフォルダを作ってそこを指定しておくといいです。
環境変数を%記号で囲んで記述することができます。（V8.40以降）
例えば、Windows Vista以降の一般的な環境では以下の２つの表記は同じ場所を表しています。
「%APPDATA%\Hidemaruo\Hidemaru\Setting」
「C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\Hidemaruo\Hidemaru\Setting」
以下の２つの表記も同じ場所を表しています。
「%USERPROFILE%\AppData\Roaming\Hidemaruo\Hidemaru\Setting」
「C:\Users\(ユーザー名)\AppData\Roaming\Hidemaruo\Hidemaru\Setting」
参照...ボタンから選ぶと、環境変数が利用可能な場所は自動的に環境変数を使う場所に変換された表記になります。
環境変数を書いた場合、V8.40未満にバージョンを下げると正常に動作しなくなる可能性があるので注意が必要です。
持ち出しキットで動作させるときのために、Hidemaru.exeのあるフォルダを基準とした相対パスを記述することができます。（ただしドライブ名なしの先頭が\から始まる書き方には対応していません）
参照：
Vista対応